MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Coding Repeats of Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium str. U288 plasmid pSTU288-2

Total Repeats: 208

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_021156	TGGCG	2	10	532	541	0 %	20 %	60 %	20 %	482907336
2	NC_021156	GCC	2	6	592	597	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	482907336
3	NC_021156	TCC	2	6	607	612	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	482907336
4	NC_021156	GCT	2	6	621	626	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	482907336
5	NC_021156	CCA	2	6	653	658	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	482907336
6	NC_021156	TGC	2	6	691	696	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	482907336
7	NC_021156	GTT	2	6	743	748	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	482907336
8	NC_021156	CCG	2	6	770	775	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	482907336
9	NC_021156	TTG	2	6	778	783	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	482907336
10	NC_021156	GCA	2	6	991	996	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	482907337
11	NC_021156	GCA	2	6	1027	1032	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	482907337
12	NC_021156	GGC	2	6	1038	1043	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	482907337
13	NC_021156	TCG	2	6	1144	1149	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	482907337
14	NC_021156	ACT	2	6	1162	1167	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	482907337
15	NC_021156	TGC	2	6	1172	1177	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	482907337
16	NC_021156	GGC	2	6	1201	1206	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	482907337
17	NC_021156	AGG	2	6	1213	1218	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	482907337
18	NC_021156	CAG	2	6	1254	1259	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	482907337
19	NC_021156	CCAT	2	8	1324	1331	25 %	25 %	0 %	50 %	482907337
20	NC_021156	GGC	2	6	1338	1343	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	482907337
21	NC_021156	TGA	2	6	1363	1368	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	482907337
22	NC_021156	CGC	2	6	1403	1408	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	482907337
23	NC_021156	AGA	2	6	1459	1464	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	482907337
24	NC_021156	ACG	2	6	1552	1557	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	482907337
25	NC_021156	GTG	2	6	1629	1634	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	482907337
26	NC_021156	ACCG	2	8	1659	1666	25 %	0 %	25 %	50 %	482907337
27	NC_021156	ATC	2	6	1707	1712	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	482907337
28	NC_021156	GAA	2	6	1764	1769	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	482907337
29	NC_021156	CGA	2	6	1836	1841	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	482907337
30	NC_021156	CAG	2	6	1867	1872	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	482907337
31	NC_021156	GGC	2	6	1887	1892	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	482907337
32	NC_021156	GGC	2	6	1923	1928	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	482907337
33	NC_021156	GCC	2	6	1963	1968	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	482907337
34	NC_021156	AGC	2	6	1975	1980	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	482907337
35	NC_021156	ATG	2	6	2053	2058	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	482907337
36	NC_021156	GGT	2	6	2064	2069	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	482907337
37	NC_021156	GCT	2	6	2070	2075	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	482907337
38	NC_021156	TTGCTC	2	12	2086	2097	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	482907337
39	NC_021156	TGG	2	6	2144	2149	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	482907337
40	NC_021156	GAA	2	6	2156	2161	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	482907337
41	NC_021156	CCA	2	6	2239	2244	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	482907337
42	NC_021156	GAT	2	6	2252	2257	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	482907337
43	NC_021156	GCC	2	6	2274	2279	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	482907337
44	NC_021156	CCG	2	6	2347	2352	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	482907337
45	NC_021156	CTGGTG	2	12	2370	2381	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	482907337
46	NC_021156	GAC	2	6	2382	2387	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	482907337
47	NC_021156	GAA	2	6	2459	2464	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	482907337
48	NC_021156	CGC	2	6	2492	2497	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	482907337
49	NC_021156	ACG	2	6	2545	2550	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	482907337
50	NC_021156	GCC	2	6	2572	2577	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	482907337
51	NC_021156	CAC	2	6	2621	2626	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	482907337
52	NC_021156	TGC	3	9	2650	2658	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	482907337
53	NC_021156	GCA	2	6	2702	2707	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	482907337
54	NC_021156	CAG	2	6	2715	2720	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	482907337
55	NC_021156	GCA	2	6	2738	2743	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	482907337
56	NC_021156	GCC	2	6	2794	2799	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	482907337
57	NC_021156	TGA	2	6	2861	2866	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	482907337
58	NC_021156	CGC	2	6	2888	2893	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	482907337
59	NC_021156	CCAGC	2	10	2953	2962	20 %	0 %	20 %	60 %	482907337
60	NC_021156	GGCACC	2	12	3068	3079	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	482907337
61	NC_021156	GGGC	2	8	3101	3108	0 %	0 %	75 %	25 %	482907337
62	NC_021156	A	6	6	3196	3201	100 %	0 %	0 %	0 %	482907338
63	NC_021156	GGTC	2	8	3211	3218	0 %	25 %	50 %	25 %	482907338
64	NC_021156	CCTTGT	2	12	3340	3351	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	482907338
65	NC_021156	CTG	2	6	3433	3438	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	482907339
66	NC_021156	CGA	3	9	3522	3530	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	482907339
67	NC_021156	GAA	2	6	3556	3561	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	482907339
68	NC_021156	GCG	2	6	3568	3573	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	482907339
69	NC_021156	ACC	2	6	3606	3611	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	482907339
70	NC_021156	CAAT	2	8	3630	3637	50 %	25 %	0 %	25 %	482907340
71	NC_021156	GCA	2	6	3675	3680	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	482907340
72	NC_021156	GCC	2	6	3683	3688	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	482907340
73	NC_021156	TGG	2	6	3715	3720	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	482907340
74	NC_021156	GGT	2	6	3750	3755	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	482907340
75	NC_021156	CTG	2	6	3813	3818	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	482907340
76	NC_021156	CCG	2	6	3859	3864	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	482907340
77	NC_021156	TCA	2	6	3884	3889	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	482907340
78	NC_021156	CTG	2	6	3951	3956	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	482907340
79	NC_021156	CAT	2	6	3986	3991	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	482907340
80	NC_021156	GC	3	6	4019	4024	0 %	0 %	50 %	50 %	482907340
81	NC_021156	GCC	3	9	4033	4041	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	482907340
82	NC_021156	GAA	2	6	4080	4085	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	482907340
83	NC_021156	CGC	2	6	4133	4138	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	482907340
84	NC_021156	ATG	2	6	4191	4196	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	482907340
85	NC_021156	CAG	3	9	4209	4217	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	482907340
86	NC_021156	GCCGAG	2	12	4287	4298	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	482907340
87	NC_021156	GAC	3	9	4311	4319	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	482907340
88	NC_021156	TTC	2	6	4329	4334	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	482907340
89	NC_021156	GGT	2	6	4384	4389	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	482907340
90	NC_021156	GGC	2	6	4393	4398	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	482907340
91	NC_021156	CGG	2	6	4403	4408	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	482907340
92	NC_021156	CCG	2	6	4420	4425	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	482907340
93	NC_021156	GTG	2	6	4462	4467	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	482907340
94	NC_021156	AGCGCA	2	12	4559	4570	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	482907341
95	NC_021156	GACGT	2	10	4579	4588	20 %	20 %	40 %	20 %	482907341
96	NC_021156	TGA	2	6	4644	4649	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	482907341
97	NC_021156	TGG	2	6	4670	4675	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	482907341
98	NC_021156	TGG	2	6	4787	4792	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	482907341
99	NC_021156	GTG	2	6	4844	4849	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	482907341
100	NC_021156	CAT	2	6	4899	4904	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	482907341
101	NC_021156	GCT	2	6	4938	4943	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	482907341
102	NC_021156	CGA	2	6	4959	4964	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	482907341
103	NC_021156	GGC	2	6	5023	5028	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	482907341
104	NC_021156	CCGC	2	8	5078	5085	0 %	0 %	25 %	75 %	482907341
105	NC_021156	CTG	2	6	5086	5091	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	482907341
106	NC_021156	TG	3	6	5102	5107	0 %	50 %	50 %	0 %	482907341
107	NC_021156	GCC	2	6	5204	5209	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	482907341
108	NC_021156	GCTGG	2	10	5244	5253	0 %	20 %	60 %	20 %	482907341
109	NC_021156	CGG	2	6	5270	5275	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	482907341
110	NC_021156	GGC	2	6	5301	5306	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	482907341
111	NC_021156	TCA	2	6	5634	5639	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	482907342
112	NC_021156	CGC	2	6	5785	5790	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	482907342
113	NC_021156	CG	3	6	5815	5820	0 %	0 %	50 %	50 %	482907342
114	NC_021156	GTG	2	6	5913	5918	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	482907342
115	NC_021156	ATC	2	6	5980	5985	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	482907342
116	NC_021156	TCG	2	6	5994	5999	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	482907342
117	NC_021156	GCAG	2	8	6022	6029	25 %	0 %	50 %	25 %	482907342
118	NC_021156	CAT	2	6	6055	6060	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	482907342
119	NC_021156	GCG	2	6	6071	6076	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	482907342
120	NC_021156	CG	3	6	6085	6090	0 %	0 %	50 %	50 %	482907342
121	NC_021156	T	6	6	6155	6160	0 %	100 %	0 %	0 %	482907342
122	NC_021156	GCT	2	6	6167	6172	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	482907342
123	NC_021156	TCTG	2	8	6241	6248	0 %	50 %	25 %	25 %	482907342
124	NC_021156	GC	4	8	6268	6275	0 %	0 %	50 %	50 %	482907342
125	NC_021156	GCC	3	9	6329	6337	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	482907342
126	NC_021156	CA	3	6	6361	6366	50 %	0 %	0 %	50 %	482907342
127	NC_021156	GGC	2	6	6403	6408	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	482907342
128	NC_021156	GAAA	2	8	6412	6419	75 %	0 %	25 %	0 %	482907342
129	NC_021156	T	8	8	6513	6520	0 %	100 %	0 %	0 %	482907343
130	NC_021156	GTG	2	6	6585	6590	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	482907343
131	NC_021156	CGC	2	6	6626	6631	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	482907343
132	NC_021156	TCA	2	6	6699	6704	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	482907343
133	NC_021156	AGG	2	6	6711	6716	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	482907343
134	NC_021156	AGG	2	6	6720	6725	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	482907343
135	NC_021156	CGG	2	6	6762	6767	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	482907343
136	NC_021156	TCTG	2	8	6772	6779	0 %	50 %	25 %	25 %	482907343
137	NC_021156	GCA	2	6	6814	6819	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	482907343
138	NC_021156	CTT	2	6	6931	6936	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	482907343
139	NC_021156	CGC	2	6	6957	6962	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	482907343
140	NC_021156	GTT	2	6	7031	7036	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	482907343
141	NC_021156	TGG	2	6	7068	7073	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	482907343
142	NC_021156	GGC	2	6	7113	7118	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	482907343
143	NC_021156	CAG	2	6	7125	7130	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	482907343
144	NC_021156	GC	3	6	7201	7206	0 %	0 %	50 %	50 %	482907343
145	NC_021156	GCCTT	2	10	7257	7266	0 %	40 %	20 %	40 %	482907343
146	NC_021156	GCC	2	6	7308	7313	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	482907344
147	NC_021156	AGA	2	6	7437	7442	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	482907344
148	NC_021156	TGA	2	6	7449	7454	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	482907344
149	NC_021156	GGGAG	2	10	7489	7498	20 %	0 %	80 %	0 %	482907344
150	NC_021156	CT	3	6	7561	7566	0 %	50 %	0 %	50 %	482907344
151	NC_021156	GC	3	6	7708	7713	0 %	0 %	50 %	50 %	482907344
152	NC_021156	GAT	2	6	7714	7719	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	482907344
153	NC_021156	ATG	2	6	7774	7779	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	482907344
154	NC_021156	CAT	2	6	7819	7824	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	482907344
155	NC_021156	CAT	2	6	7830	7835	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	482907344
156	NC_021156	GGCT	2	8	7849	7856	0 %	25 %	50 %	25 %	482907344
157	NC_021156	GCC	2	6	7900	7905	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	482907344
158	NC_021156	GAC	2	6	7933	7938	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	482907344
159	NC_021156	TC	3	6	7982	7987	0 %	50 %	0 %	50 %	482907344
160	NC_021156	GCC	2	6	8532	8537	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	482907345
161	NC_021156	GC	3	6	8575	8580	0 %	0 %	50 %	50 %	482907345
162	NC_021156	CGC	2	6	8608	8613	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	482907345
163	NC_021156	GCC	2	6	8631	8636	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	482907345
164	NC_021156	AG	3	6	8637	8642	50 %	0 %	50 %	0 %	482907345
165	NC_021156	AGGGC	2	10	8672	8681	20 %	0 %	60 %	20 %	482907345
166	NC_021156	GCT	2	6	8701	8706	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	482907345
167	NC_021156	AGGGG	2	10	8729	8738	20 %	0 %	80 %	0 %	482907345
168	NC_021156	TGT	2	6	8740	8745	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	482907345
169	NC_021156	CTG	2	6	8756	8761	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	482907345
170	NC_021156	AGTG	2	8	8763	8770	25 %	25 %	50 %	0 %	482907345
171	NC_021156	ATA	2	6	9471	9476	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	482907346
172	NC_021156	CCA	2	6	9480	9485	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	482907346
173	NC_021156	CG	3	6	9507	9512	0 %	0 %	50 %	50 %	482907346
174	NC_021156	TGC	2	6	9630	9635	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	482907346
175	NC_021156	CCT	2	6	9640	9645	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	482907346
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177	NC_021156	CTG	2	6	9692	9697	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	482907346
178	NC_021156	GC	3	6	9741	9746	0 %	0 %	50 %	50 %	482907346
179	NC_021156	GCG	2	6	9763	9768	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	482907346
180	NC_021156	GCT	2	6	9797	9802	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	482907346
181	NC_021156	CAT	2	6	9814	9819	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	482907346
182	NC_021156	CCTTT	2	10	9830	9839	0 %	60 %	0 %	40 %	482907346
183	NC_021156	GC	4	8	9934	9941	0 %	0 %	50 %	50 %	482907346
184	NC_021156	TTCGGG	2	12	9968	9979	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	482907346
185	NC_021156	C	6	6	10023	10028	0 %	0 %	0 %	100 %	482907346
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187	NC_021156	GCCG	2	8	10116	10123	0 %	0 %	50 %	50 %	482907346
188	NC_021156	CGCT	2	8	10146	10153	0 %	25 %	25 %	50 %	482907346
189	NC_021156	CGT	2	6	10180	10185	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	482907346
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191	NC_021156	TCT	2	6	10203	10208	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	482907346
192	NC_021156	TCA	2	6	10209	10214	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	482907346
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194	NC_021156	GCC	2	6	10361	10366	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	482907346
195	NC_021156	GATG	2	8	10449	10456	25 %	25 %	50 %	0 %	482907346
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197	NC_021156	GCAA	2	8	10510	10517	50 %	0 %	25 %	25 %	482907346
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204	NC_021156	CTGC	2	8	10690	10697	0 %	25 %	25 %	50 %	482907346
205	NC_021156	GCG	2	6	10722	10727	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	482907346
206	NC_021156	CCGC	2	8	10830	10837	0 %	0 %	25 %	75 %	482907347
207	NC_021156	AGC	2	6	10838	10843	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	482907347
208	NC_021156	TCC	2	6	10925	10930	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	482907347

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.